All'isola è stato conferito il nome di un uccello (il "frégate", famoso per la sua apertura alare di quasi due metri, può essere avvistato mentre caccia al largo dell'isola), ed è quindi giusto che sia diventata l'ultimo rifugio di uno degli uccelli più rari al mondo. Il magpie robin, che rischiava l'estinzione a causa delle sue spiccate qualità canore (era infatti divenuto un uccello molto popolare da allevare in cattività) ha dovuto rinunciare al suo habitat naturale a favore delle vaste piantagioni di cocco. Attualmente è ancora molto raro; tuttavia, grazie ad un programma di recupero, sull'isola di Frégate vivono più di 60 esemplari di questo uccello, pari alla metà dell'intera popolazione mondiale. Altri uccelli caratteristici del posto sono il colombo magnifico, la nettarinia blu e la sterna fuscata e nera. Presto si insedierà qui anche l'uccello dagli occhi bianchi, in pericolo di estinzione.

Frégate è inoltre abitata da tartarughe giganti, da tartarughe verdi e dalle più piccole tartarughe embricate. Rappresenta anche l'habitat naturale del tenebebrionide, che non si trova da nessun'altra parte al mondo.

La fauna è bellissima, ma la flora è addirittura lussureggiante. Qui crescono bellissimi banani, sandragon ed imponenti palme da cocco. Sull'isola di Frégate vengono prodotti anacardi, noci di cocco, cannella, vaniglia, mango, arance e banane. I giardini di Frégate forniscono alle cucine dell'hotel la gran parte dei prodotti freschi, quali frutta, verdura, erbe aromatiche e spezie.